A Fundação UnirG, mantenedora, detém o controle financeiro, planejamento financeiro e administração de todas as estruturas físicas que servem a academia bem como dos recursos humanos não docentes. Embora tenha autonomia na gestão financeira, toda a gestão está em função do Centro Universitário.
O Centro Universitário UnirG, mantida, depende da administração financeira da Fundação, entretanto tem autonomia na gestão acadêmica. As duas instituições fazem o planejamento anual dividido por setores e, embora haja previsão orçamentária, a disponibilização de recursos para a academia é feita mediante consulta ao gestor administrativo e financeiro.