A Igreja Batista da Lagoinha em São Joaquim teve seu início a partir de uma célula, que se reunia em um pequeno galpão emprestado localizado na Rua Diamante. O grupo contava, entre outros, com a participação do Pr. Eduardo Santos, que viria a ser o primeiro Pastor da Igreja quando de sua inauguração, e do Pr. Davi, membro da Igreja até os dias atuais.
Com base forte na oração, o grupo cresceu e conseguiu alugar um galpão à R. Princesa Isabel, onde foi inaugurada a Igreja em 20 de março de 2001, contando neste início com cerca de 30 membros.
Sob a condução do Pr. Eduardo Santos, junto com sua esposa, Pra. Bete Santos, em seu início a Igreja teve seu foco bastante direcionado ao evangelismo e à adoração. Prosperaram também o ensino através da Escola Bíblica Dominical, Escola de Líderes e Ministério Infantil, a oração com o trabalho de Gideões da Oração, o serviço através da Diaconia, e o pastoreio através das Células.
Em Agosto de 2007 o Pr. Eduardo foi substituído, passando o pastoreado para o Pr. Gustavo Poubel Melo, que teve ênfase no discipulado e ministério de ensino. Implantou o Seminário Petrus, A Jornada da Aliança, deu firme suporte aos ministérios, fortalecendo e formando uma liderança que é em grande parte atuante até hoje. O Pr. Gustavo Poubel pastoreou a igreja de 2007 a 2009.
Em agosto de 2009, Pr. Roberto Xavier e Pra Eliane Xavier assumiram o pastoreio no qual estão até hoje, dando ênfase ao cuidado da Igreja através do trabalho de células, apoiando e promovendo a multiplicação dos ministérios, resultando num crescimento acentuado da membresia, levando ao que temos hoje, uma igreja com frequência semanal de cerca de 900 pessoas, e com mais de 20 ministérios ativos. Durante os anos de seu pastorado, com ousadia de fé e muita dedicação, os pastores fizeram a anexação de um galpão maior ao lado do antigo, onde hoje acontecem os cultos e eventos principais, e melhorias profundas na estrutura da Igreja, com novas salas, ferramentas e equipamentos para o bom desemprenho do trabalho, preparando a Igreja para o que Deus reserva para os próximos e abençoados anos que virão.