Segundo mais antigo dentre os colégios em atividade no país (o mais antigo é o Atheneu Norte-Riograndense), o Colégio Pedro II foi assim nomeado em homenagem ao imperador do Brasil D. Pedro II.
Fundado na época do período regencial brasileiro, integrava um projeto civilizatório mais amplo do império do Brasil, do qual faziam parte a fundação do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro e o Arquivo Público do Império, seus contemporâneos. No plano da educação pretendia-se a formação de uma elite nacional. Deste modo, a instituição propunha-se formar quadros políticos e intelectuais para os postos da alta administração, principalmente pública.
O Colégio Pedro II é uma Autarquia do Poder Executivo Federal vinculada ao
Ministério da Educação. É uma Instituição Federal de Ensino com autonomia administrativa, patrimonial, financeira, didático-pedagógica e disciplinar, de característica pluricurricular e multicampi, especializada na oferta de Educação Básica – Ensino Fundamental e Médio e conta com 12 unidades escolares na cidade do Rio de Janeiro nos bairros do Centro, São Cristóvão (3 unidades), Humaitá (2 unidades), Tijuca (2 unidades), Engenho Novo (2 unidades) e Realengo (2 unidades). Também possui uma unidade em Niterói e outra em Duque de Caxias.