A Igreja de São Gonçalo Garcia foi fundada em dezembro de 1758.
O Orago da Venerável Confraria, ereta na esquina da Rua da Alfândega com a Praça da República, era São Gonçalo Garcia, um franciscano que sofreu o martírio no Japão, em 1597, e já estava canonizado em 1617. Sua iconografia é de um jovem transpassado por duas lanças com a ponta da orelha esquerda cortada, e assim está representado em um dos nichos do altar-mor.
Em 1850, na esquina das atuais ruas Gonçalves Ledo e Luís de Camões, antiga Rua de São Jorge, a já antiga Irmandade de São Jorge, existente desde 1741, via-se às voltas com a manutenção de sua Igreja, que estava em estado precário e ameaçava cair, pediu abrigo na de São Gonçalo Garcia, até que as obras fossem concluídas. Como isso não ocorreu, a Igreja foi demolida em 1855. A área foi vendida e a Irmandade de São Gonçalo Garcia assumiu definitivamente a responsabilidade de abrigar a imagem. As duas Irmandades se juntaram e era fundada, assim, a Venerável Confraria dos Gloriosos Mártires São Gonçalo Garcia e São Jorge.
Inicialmente, a imagem de São Jorge ficava onde existe hoje o Calvário, depois foi construída uma capela para o santo.
Atualmente, a Irmandade da Venerável Confraria possui aproximadamente sete mil irmãos e irmãs.
A decoração interna da Igreja apresenta vestígios de rococó convivendo com elementos neocoloniais introduzidos por uma reforma havida em 1913. O neocolonial, movimento em voga no início do século XX, pode ser visto como um resgate criativo, prestando-se a Igreja a ser um modelo de seus princípios decorativos entre as igrejas do Rio de Janeiro.
A volumetria e a fachada do templo são em tudo semelhante ás pequenas igrejas rococós do centro da cidade. Mas sua torre estabelece com o resto do conjunto um contraste que marca a chegada do neoclássico.
Mas, é na Capela anexa, do lado esquerdo da nave, que está o grande ícone, a bicentenária imagem de São Jorge que, posteriormente, recebeu de presente um cavalo esculpido em madeira pintado de branco, montado pela figura do cavaleiro, escudo ao braço (pesando, juntamente com a imagem, mais de quinhentos quilos e com cerca de dois metros e oitenta centímetros de altura, implantada em estrutura metálica com rodas de ferro), plumas brancas e vermelhas no capacete, capa vermelha, à espera dos visitantes que desejam ver de perto o Santo mais popular do país.